Das Zentrum Gender Studies wurde 2001 gegründet. Seine Leitung übernahm Prof. Dr. Andrea Maihofer. Inzwischen ist das Zentrum als eigenständige Einheit im Departement Gesellschaftswissenschaften der Philosophisch-Historischen Fakultät integriert. 2005 wurden die Basler Gender Studies im Auftrag der Universität durch internationale ExpertInnen überaus erfolgreich evaluiert.